O Conselho Deliberativo, a Diretoria Executiva e o Conselho Fiscal são os órgãos da administração da instituição. O Conselho Deliberativo é o órgão máximo de governo, sendo constituído por 18 pessoas, cada uma delas representando um sínodo da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil (a IECLB atua por meio de 18 sínodos, distribuídos geograficamente em todo o país). Com isto, o conselho materializa o vínculo entre FLD e IECLB de forma orgânica e geograficamente representativa.
Uma exigência estatutária é a sua composição com 50% de representação em termos de gênero (metade mulheres, metade homens). A Diretoria Executiva é eleita pelo Conselho Deliberativo e tem seis integrantes (presidenta ou presidente, vice-presidenta ou vice-presidente, secretária ou secretária, vice-secretária ou vice-secretário, tesoureira ou tesoureiro, vice-tesoureira ou vice-tesoureiro), também com exigência de equilíbrio na representação de gênero, que se reúnem ordinariamente seis vezes ao ano.
Diretoria e Conselhos
Diretoria Executiva
Fábio Bernardo Rucks, presidente
Rosane Pletsch, vice-presidenta
Mirian Ratz, secretária
Alvori Ahlert, vice-secretário
Cleci Terezinha Koch, tesoureira
Herbert Emil Knup, vice-tesoureiro
Conselho Deliberativo
Alecio Patzlaff, presidente
Roseli Maria de Souza, vice-presidenta
Sínodo da Amazônia
Rudibert Rueckert, titular
Marcelo Maiberg, suplente
Sínodo Brasil Central
Roseli Maria de Souza, titular
Solange Machado Vieira, suplente
Sínodo Centro Campanha Sul
Ana Cássia Maus Wink, titular
Roseli Breunig Berger, suplente
Sínodo Centro Sul Catarinense
João Bartsch, titular
Renato Luís Ribeiro, suplente
Sínodo Espírito Santo a Belém
Iraci Wutke, titular
Luceny Laurett, suplente
Sínodo Mato Grosso
Kátia Rodrigues Jahnel, titular
Leda Witter, suplente
Sínodo Nordeste Gaúcho
Alécio Patzlaff, titular
Celso Nicolau Kerber, suplente
Sínodo Noroeste Rio-Grandense
Renato Küntzer, titular
Fábio Rodrigo Wening, suplente
Sínodo Norte Catarinense
Edson Seiffert, titular
Elemer Kroeger, suplente
Sínodo Paranapanema
Clarissa Peres Sanchez, titular
Ana Paula Pereira de Melo Alcantara, suplente
Sínodo Planalto Rio-grandense
Liani Plegge, titular
Kerlly Cristina Barden Müller, suplente
Sínodo Rio dos Sinos
Tania Elizabete Auler, titular
Maria Regina Lucini, suplente
Sínodo Rio Paraná
Luzaoir Adilson Lenz, titular
Sínodo Sudeste
Alberi Neumann, titular
Leonardo Vasconcelos Cavalier Darbilly, suplente
Sínodo Sul-Rio-Grandense
Germano Ehlert Pollnow, titular
Arildo Tessmann, suplente
Sínodo Uruguai
Lisani Neumann Müller, titular
Lélia Sacks Horst, suplente
Sínodo Vale do Itajaí
Márcia Helena Hülle, titular
Siegrid Hoeft, suplente
Sínodo Vale do Taquari
Ronald Markus, titular
Gerson Echelmeier, suplente
Membresia Nata
Carla Jandrey, Coordenadora de Diaconia e Inclusão da IECLB
Marcos Bechert, Secretário Geral da IECLB
Débora Eriléia Pedrotti, Conselho da Igreja
Conselho Fiscal
Grasiella da Silva Coimbra, titular
Graziele Damasceno Scherer, titular
Valério Weirich, titular
Alci Saick, suplente
Altemir Labes, suplente
Lodi Uptmoor Pauly, suplente