O Conselho Deliberativo, a Diretoria Executiva e o Conselho Fiscal são os órgãos da administração da instituição. O Conselho Deliberativo é o órgão máximo de governo, sendo constituído por 18 pessoas, cada uma delas representando um sínodo da Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil (a IECLB atua por meio de 18 sínodos, distribuídos geograficamente em todo o país). Com isto, o conselho materializa o vínculo entre FLD e IECLB de forma orgânica e geograficamente representativa.
Uma exigência estatutária é a sua composição com 50% de representação em termos de gênero (metade mulheres, metade homens). A Diretoria Executiva é eleita pelo Conselho Deliberativo e tem seis integrantes (presidenta ou presidente, vice-presidenta ou vice-presidente, secretária ou secretária, vice-secretária ou vice-secretário, tesoureira ou tesoureiro, vice-tesoureira ou vice-tesoureiro), também com exigência de equilíbrio na representação de gênero, que se reúnem ordinariamente seis vezes ao ano. O Conselho Curador possui três integrantes e reúne-se duas vezes ao ano.
Diretoria e Conselhos
Diretoria Executiva
Eloí Siegert Peter, presidenta
Fábio Bernardo Rucks, vice-presidente
Herbert Knup, secretário
Tatiane Gaulke, vice-secretária
Cleci Terezinha Koch, tesoureira
Felipe Zarnott, vice-tesoureiro
Conselho Deliberativo
Alécio Patzlaff, presidente
Soliana Schneider, vice-presidenta
Sínodo da Amazônia
Ricardo Brosowski, titular
Linton Carlos Fruhauf, suplente
Sínodo Brasil Central
Soliana Schneider, titular
Débora Ristow Krauser, suplente
Sínodo Centro Campanha Sul
Lisani Landskren, titular
Roseli Maria Klauck Magedanaz, suplente
Sínodo Centro Sul Catarinense
João Bartsch, titular
Sínodo Espírito Santo a Belém
Willa Buecker, titular
Sandra Hoffmann Calott, suplente
Sínodo Mato Grosso
Elair Schanoski, titular
Ivanilde Tschá, suplente
Sínodo Nordeste Gaúcho
Alécio Patzlaff, titular
Celso Nicolau Kerber, suplente
Sínodo Noroeste Rio-Grandense
Fábio Rodrigo Wening, titular
Sínodo Norte Catarinense
Rudiberto Gaedke, titular
Armin Koenig, suplente
Sínodo Paranapanema
Darclê W. Cunha, titular
Arlete Frizzo, suplente
Sínodo Planalto Rio-grandense
Roselaine Plentz Wolter, titular
Sínodo Rio dos Sinos
Ilma Kreitlow Larssen, titular
Sínodo Rio Paraná
Harri Behling, titular
Altair Patzlaff, suplente
Sínodo Sudeste
Alberi Neumann, titular
Sínodo Sul-Riograndense
Fábio Steinert, titular
Sínodo Uruguai
Lélia Hosrt, suplente
Sínodo Vale do Itajaí
Márcia Helena Hülle , titular
Mirian Ratz, suplente
Sínodo Vale do Taquari
Ronald Markus, titular
Membros Natos
Carla Jandrey, Coordenadora de Diaconia e Inclusão
Marcos Bechert, Secretário Geral da IECLB
Anelize Marleni Berwig, Conselho da Igreja
Conselho Fiscal
Grasiella da Silva Coimbra, titular
Graziele Damasceno Scherer, titular
Valério Weirich, titular
Alci Saick, suplente
Fábio Machado Silva, suplente
Lodi Uptmoor Pauly, suplentev