O Programa de Pequenos Projetos atua a partir de cinco áreas temáticas: Justiça Econômica, Justiça Socioambiental, Diaconia, Direitos e Ajuda Humanitária.
Justiça de gênero é critério transversal de apoio a projetos e de todas as dimensões das atividades da FLD. Justiça de gênero, para a FLD, é a existência de relações igualitárias de poder entre mulheres e homens e a eliminação de sistemas institucionais, culturais e interpessoais de privilégio e opressão, que fundamentam a discriminação. A justiça de gênero é compreendida na interseccionalidade com geração, etnia, classe social e orientação sexual.